Den store renovering og ombygning, som var påbegyndt i 1686 blev fuldendt i 1697. Derefter stod kirken uforstyrret i næsten 200 år.
Pietetsfølelsen overfor "oberstens kirke" var stærk og kun lidt blev ændret i denne lange periode.
I 1886 iværksattes en absolut påkrævet hoverestaurering. Her skete følgende større ændringer:
1. Kordør og korgitter blev fjernet.
2. Prædikestolen blev rykket ned i skibet, hvor den placeredes i de øverste "kvindestole"
3. Herskabsstolen (billedet) blev taget ned fra sin oprindelige plads oppe under loftet i skibets sydlige side og stillet på gulvet i tårnrummet. Den blev samtidig forkortet og berøvet mange af sine prydelser. Dens trappeopgang fra væbnerstolen blev tilmuret. Væbnerstolen står i tårnrummets sydøsthjørne.
4. Orgelet i kirkens sydlige korsarm blev omplaceret.
5. Under gulvet blev der gravet ud til et nyt varmeanlæg.
6. En ny indgangsdør blev sat ind i sydgavlen.
rekonstruktion
Det var under denne restaurering at den så berømte "Høning Planke" dukkede op i 1887. Denne ornamenterede egeplanke blev fundet i fylden mellem den indre og ydre mur. Den er siden opbevaret på Nationalmuseet.
De sagkyndige skønnede at plankestykket var en del af hammerbåndet fra en gammel stavkirke.
Denne rekonstruktion af Hørning Planken er udført af Tage Taasrti, Randers.
I 1960 stod man overfor en ny stor og omfattende restaurering.
I den forbindelse foretog Nationalmuseet udgravninger i kirken og herved afdækkedes sporene af den gamle trækirke, som havde ligget på dette sted, bygget formodentlig omkring år 1050. Man fandt desuden i brandlaget en lille udbrændt træsplint med farver, som i kemisk henseende viste sig at svare ganske nøje til Hørning Plankens grønne og røde maling
Restaureringsarbejdet måtte igen indstilles, da der indtraf noget uforudset: Et fund dukkede op, som var (lidt) ældre end trækirken.
Resultatet af den fornyede gravning blev enestående: Under trækirken afdækkede man en kammergrav fra vikingetid.
Foruden knogleresterne indeholdt graven 5 glasperler, en lille kniv med sølvskaft, to små hvæssesten, (til synåle) rester af en sølvindviklet dragt, spor af en træske og et rundt kar, et simpelt kar og en væltet træbøtte, en fjerdedel af et lille firkantet bord og et fad af bronzeblik.
Stavkirken på Moesgaard